С помощью админки Вебасиста можно администрировать несколько сайтов.
При этом физическая папка у них одна, корень сайта общий.
И, соответственно, общий htaccess.
Допустим, у одного из сайтов группы есть сертификат безопасности, он работает по протоколу https. А у других сайтов сертификата нет.
Как же правильно настроить тогда htaccess?

А не нужно его настраивать : ).
Webasyst организует редирект нужного сайта на https без правки htaccess.
Для этого нужно в приложении «Сайт» перейти в настройки домена, для которого установлен SSL-сертификат.
И проставить галочку «перенаправлять на https».