Содержимое включаемых областей хранится в файлах с некоторым суффиксом.
Например, в поставляемых файлах продукта для страницы используется суффикс _inc (index_inc.php),
а включаемая область для раздела сайта сохраняется в файле с именем sect и добавлением к нему суффикса (например, sect_inc.php).
Файл с включаемой областью должен быть сохранен в той же директории, что и страница, для которой он был создан. Включаемая область для раздела — в папке этого раздела.
При настройке bitrix:main.include выбираем область откуда берем — из файла (одна на весь сайт) из раздела или из страницы.
Пример вызова областей в разделах:

<div id="header">
<?$APPLICATION->IncludeComponent("bitrix:main.include", ".default", array(
"AREA_FILE_SHOW" => "sect",
"AREA_FILE_SUFFIX" => "headerinc",
"AREA_FILE_RECURSIVE" => "Y", // подразделы показывают эту же шапку
"EDIT_TEMPLATE" => "sect_headerinc.php"
),
false
);?>
</div>